Správní orgán musí postupovat pouze v souladu s právními předpisy a může jednat pouze v rámci toho, co mu právní předpisy umožňují. Jinak řečeno, správní orgán může (resp. musí) činit to, co mu zákon (či jiný právní předpis) ukládá, ale nic víc. (Oproti tomu fyzické a právnické osoby smí činit vše, co jim není právními předpisy zakázáno.)
Další základní zásadou je, že správní orgán je povinen šetřit práva nabytá v dobré víře a oprávněné zájmy osob dotčených jeho činností. Zasahovat do těchto práv může správní orgán jen v nezbytném rozsahu (zásada přiměřenosti).
Dále je správní orgán jednat tak, aby to bylo v souladu s veřejným zájmem a rozhodovat tak, aby to jednak odpovídalo okolnostem konkrétního případu, ale zároveň rozhodovat podobné případy podobně, tedy tak, aby mezi nimi nevznikaly nedůvodné rozdíly (jinak řečeno, rozhodování správního orgánu by mělo být předvídatelné). K této zásadě viz meze správního uvážení.
Správní orgán musí v řízení postupovat tak, aby byl zjištěn stav věci, o němž nejsou důvodné pochybnosti, a to pouze v rozsahu, který je nezbytný pro soulad jeho postupu s výše uvedenými zásadami.
Správní řád také výslovně říká, že veřejná správa je službou veřejnosti a proto má každý úředník povinnost chovat se k dotčeným osobám zdvořile, podle možností jim vycházet vstříc a je-li to potřebné, poskytovat jim poučení o jejich právech a povinnostech.
Správní orgán je povinen vyřizovat věci bez zbytečných průtahů – v souvislosti s tím je upravena ve správním řádu tzv. ochrana před nečinností, což znamená, že pokud příslušný orgán nerozhodne v zákonné lhůtě, je jeho nadřízený orgán povinen (dozví-li se o tom) učinit opatření proti nečinnosti (viz zvláštní kapitola).
Osoby, kterých se týká správní řízení, mají dle správního řádu vždy rovné postavení, správní orgán je povinen vystupovat vůči nim nestranně a má vždy dbát o to, aby rovnost jejich postavení nebyla narušena.
Konečně správní řád zmiňuje i tzv. zásadu dobré správy, která znamená, že správní orgány jsou povinny mezi sebou spolupracovat a dbát o to, aby současně probíhající řízení týkající se téže osoby byla ve vzájemném souladu. Na to, že současně probíhá jiné řízení, je ovšem dotčená osoba povinna správní orgán upozornit, pokud se chce této zásady dovolávat.