Výkaz nedoplatků může zdravotní pojišťovna zrušit z vlastního podnětu, a to i po jeho právní moci. Opírá se přitom nikoli o správní řád, ale o odst. 6 § 53 zákona č. 48/1997 Sb.
Pravomocný platební výměr může zdravotní pojišťovna změnit nebo zrušit v rámci přezkumného řízení podle správního řádu. Přezkumné řízení zahajuje z moci úřední orgánu, který rozhodnutí vydal nebo jeho nadřízeného orgánu, nebo z podnětu účastníka. Účastník však nemá na zahájení přezkumného řízení nárok. Přezkumné řízení se zahájí, pokud lze důvodně pochybovat o tom, že rozhodnutí je v souladu s právními předpisy. Usnesení o zahájení přezkumného řízení lze vydat jen do 1 roku od právní moci rozhodnutí.
Mimořádným opravným prostředkem podle správního řádu je také obnova řízení. Žádost o obnovu řízení může podat účastník řízení, jestliže vyšly najevo dříve neznámé skutečnosti nebo důkazy, které existovaly v době původního řízení a které účastník, jemuž jsou ku prospěchu, nemohl v původním řízení uplatnit, anebo se provedené důkazy ukázaly nepravdivými, nebo bylo zrušeno či změněno rozhodnutí, které bylo podkladem rozhodnutí vydaného v řízení, které má být obnoveno, a pokud tyto skutečnosti, důkazy nebo rozhodnutí mohou odůvodňovat jiné řešení otázky, jež byla předmětem rozhodování. Žádost o obnovu lze podat nejpozději do 3 let ode dne právní moci rozhodnutí. Na základě žádosti orgán nejdříve rozhoduje, zda obnovu povolí a pokud povolí, původní rozhodnutí zruší a rozhodne znovu.